Desde 2006, o Porto Seco Centro Oeste S/A trabalha com um sistema de gestão de alta qualidade na prestação de serviços, por meio de atendimento aos critérios normativos da ISO 9001 (certificação baseada na prestação de serviços com alto padrão de qualidade). No ano de 2011, a empresa teve seu segmento de Mercado Interno (setor destinado a trabalhar com cargas nacionais), auditado e certificado com a ISO 9001, tornando-se o primeiro e único porto seco do Brasil a possuir certificação em todos os processos. A partir de 2015 a empresa atinge um novo patamar, sendo o primeiro Porto Seco e a segunda organização do país a conquistar a certificação ISO 28000 (certificação baseada na segurança da cadeia logística com elevado grau de controle). Por último, a empresa conquistou, junto ao Exército brasileiro, a autorização para armazenar produtos controlados. O Certificado de Registro (CR), obtido em 2016, atesta que a empresa tem a capacidade de trabalhar com produtos que por diversos motivos de segurança exigem elevado controle e expertise.